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% 目次はsectionレベルまで。
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\begin{document}

% 表紙
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% 要約
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% 目次
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% 本文
\newpage
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\include{chap1}
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\include{chap3}
\include{chap4}
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% 参考文献
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\setcounter{page}{12}	% 設定したいページ番号
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\end{document}